分子蒸餾與短程蒸餾相同，兩者都意味著使用高真空和靠近加熱蒸發表面的冷凝表面。對于許多應用，如麻素和其他具有更高分子量和沸點的化合物，如果距離不近，設備將無法正常工作，如果有的話。有些人將術語“短路徑”僅與基本玻璃器皿設置相關聯，該基本玻璃器皿設置涉及具有通向冷凝器和接收器燒瓶的頸部的基本沸騰燒瓶。

　　短程蒸餾系統中要注意真菌，溶劑和細菌的去除，在確定材料的使用位置時，顏色去除是另一個問題。將好的產品推向市場是所有廠商的目的，某些零售設備的任何雜質含量都非常嚴格，低至（PPB）十億分之一。由于所得到產品的性質，這個過程對于工程師來說很難。好的短程分子蒸餾設備有多年使用有機化合物的經驗，能夠調整程序，將真菌、溶劑和細菌水平降至所需水平。

　　短程蒸餾系統不僅可為制造商提供在內部執行這些清除工藝所需，還可經過時間檢驗的有機化合物程序，以便為每批材料生成靜態和可靠的結果。此外，短程蒸餾系統可以提供增加材料回收率，幫助去除顏色和簡化現有程序，以便在產品加工過程中獲得更快的周轉時間。